Из недр студии Obsidian пошли слухи о возможном появлении сиквела Alpha Protocol. В интервью изданию Play представители Obsidian высказали надежду, что вторую часть они бы делали с удовольствием. Кроме того, опыт создания первой части дает возможность взглянуть на многое заново и сделать лучше, чем изначально. К примеру, разработчики отмечают, что система укрытий и того, как персонаж их использует, получилась не самым лучшим образом, но поправить ничего уже, само собой, нельзя.
Игра Alpha Protocol получилась довольно интересной благодаря ряду свежих и интригующих идей. Плюс к этому, атмосфера вышла удачной и представляет собой некий микс из шпионских историй. К сожалению, выход Alpha Protocol сопровождался рядом недоделок и ошибок. Несмотря на это, геймеры приняли Alpha Protocol тепло, так что теперь многое зависит от паблишеров, которые в итоге и решат дальнейшую судьбу игры. Сейчас Obsidian доделывает игру Dungeon Siege III, а также может выпустить новый загружаемый контент для Fallout: New Vegas.